Kisah asal-usul Danau Toba dimulai oleh seorang petani muda yang bernama Toba. Laki-laki ini adalah petani yang rajin, ia banyak menghabiskan waktunya di sawah. Terkadang, ia juga suka pergi memancing ikan untuk dimakan atau dijual ke pasar. Lalu, di suatu pagi ia lebih memilih untuk pergi memancing ikan daripada pergi ke sawah. Saat Toba memancing, ia mendapatkan ikan mas yang ukurannya cukup besar, lebih besar dari ukuran ikan yang biasanya ia dapatkan.

Setelah sampai rumah, Toba sangat terkejut karena ikan yang tadinya akan ia bersihkan dan potong berubah menjadi seorang perempuan yang sangat cantik. Perempuan ini pun bercerita pada Toba bahwa sebenarnya ia adalah seorang putri raja, dan sekarang ia tengah dikutuk. Setelah ia menjelaskan kondisinya, sang putri berterima kasih pada Toba karena sudah menyelamatkannya. Sebagai rasa terima kasihnya, sang putri bersedia menjadi istri Toba dengan syarat orang-orang lain tidak boleh tahu asal-usul keberadaannya.

Setelah mereka menikah, mereka dikaruniai seorang anak laki-laki. Mereka menamakan anak mereka Samosir. Mereka berdua merasa sangat senang dan semangat menjadi orang tua, mereka membesarkan Samosir dengan penuh kasih sayang dan memanjakannya. Samosir tumbuh menjadi anak yang sangat aktif dan bisa dibilang sedikit nakal. Samosir tidak pernah mau membantu ayahnya bekerja di ladang. Bahkan, saat ibunya memintanya hanya sekadar untuk mengantarkan bekal sang ayah, ia sering menolak. Ia lebih memilih di rumah atau bermain. Ditambah lagi, Samosir memiliki nafsu makan yang sangat tinggi, sehingga Toba harus bekerja lebih giat dan lebih keras agar segala kebutuhan gizi Samosir dapat terpenuhi. Saking tinggi nafsu makan Samosir, terkadang jatah makan satu keluarga bisa habis hanya untuk mengenyangkan perutnya. Meski begitu, Toba dan istrinya tidak merasa keberatan dan tetap berusaha agar anaknya bisa selalu merasa senang dan kenyang.

Lalu pada suatu hari, Samosir bersedia mengantarkan bekal ayahnya ke ladang setelah ia dibujuk dan dipaksa oleh ibunya. Dengan berat hati dan melawan rasa malasnya sekuat tenaga, Samosir berjalan ke ladang sambil membawa bekal ayahnya. Namun, di tengah jalan ia merasa lapar dan haus. Samosir pun membuka bekal ayahnya dan memakannya sedikit. Awalnya, Samosir hanya memakan satu gigit, tapi ia masih merasa lapar dan belum puas. Samosir pun membuka bekal ayahnya kembali dan memakan beberapa suap, hingga pada akhirnya hanya tersisa sedikit makanan dan minuman di dalam bekal ayahnya.

Di ladang, ayahnya sangat senang melihat anaknya dari kejauhan menghampirinya. Saat Samosir memberikan bekal itu pada ayahnya dan membukanya, raut wajah ayahnya berubah menjadi kesal, “kenapa makananku tinggal sedikit?” Tanya Toba dengan nada sedikit tinggi. Anaknya pun menjelaskan bahwa ia merasa sangat lapar di tengah jalan tadi, dan seharusnya ayahnya tidak marah karena ia tetap menyisakan sedikit untuknya. Toba pun tidak bisa menahan amarahnya dan ia bahkan berkata kasar pada anaknya, “anak kurang ajar! Dasar kamu keturunan ikan!” Samosir pun sangat terkejut dengan perkataan ayahnya dan merasa sakit hati. Samosir pun berlari menangis ke rumah.

Sesampainya di rumah, ibunya terkejut melihat anaknya histeris menangis. Samosir pun menceritakan apa yang terjadi di ladang tadi saat ia bertemu ayahnya. Mendengar kejadian itu, sang ibu merasa kecewa dengan Toba karena ia sudah mengingkari janjinya untuk tidak memberi tahu asal-usulnya pada siapa pun.

Kemudian, sang ibu berdiri sambil memegang tangan Samosir. Dalam hitungan detik, mereka sudah menghilang. Tiba-tiba, ada sebuah keajaiban muncul dari bekas pijakan Samosir dan ibunya. Ada sebuah aliran air yang sangat deras hingga tidak bisa dibendung dari bekas pijakan kaki mereka berdua. Saking derasnya aliran air yang mengalir, desa itu pun lama-lama tenggelam Akhirnya, terbentuklah sebuah danau akibat hal ini. Danau ini dinamakan Danau Toba, pulau-pulau kecil di tengahnya pun disebutt Pulau Samosir untuk mengenang anak laki-laki ini.